Nach der Hay'schen Trennkostdiät beruhen viele Krankheiten auf einem Säureüberschuss im Körper und einer verzögerten Verdauung, Beides wird anbegleich verursacht durch eine zu hohe und gleichzeitige Aufnahme der beiden Nährstoffe: Kohlenhydrate und Eiweiße. Nach Hay`s Theorie soll der Magen nicht in der Lage sein, gleichzeitig säure- und basenbildende Lebensmittel zu verdauen.

Werden Kohlenhydrate und Eiweiße gemeinsam gegessen, so werden nach Hay die Kohlenhydrate im Dünndarm vergoren, ein Säureüberschuss entsteht. Schlecht seien zum Beispiel Hülsenfrüchte, da diese sowohl Eiweiß als auch Kohlenhydrate in hohem Maße enthalten und damit schwer verdaulich seien. Prinzip der Hay'schen Trennkost ist es dann auch, eiweiß- und kohlenhydratreiche Lebensmittel immer voneinander getrennt zu essen. Der Nährstoff Fett wird von Hay neutral bewertet. Durch die so erzielte Optimierung des Säure-Basen-Haushaltes und der Verdauung, soll eine Gewichtsreduktion erzielt werden. Außerdem soll diese Trennung auch Krankheiten vorgebeugen.